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Script de abas (tabs) muito pequeno. Nesse exemplo da url abaixo, ele não utiliza mais do que 20 linhas!
 
http://20bits.com/2007/05/23/dynamic-ajax-tabs-in-20-lines/

Simples aplicação, porém com um efeito bem legal. Permite mostrar fotos de uma maneira prática. Utiliza prototype e PHP.
 
http://s202250659.onlinehome.us/galeria/

Simples script para editar no local (editinplace) com Ajax e Prototype. Possui um efeito interessante.

http://www.nick-dunn.co.uk/blog/2006/08/animating-editinplacejs-with-moofx/

Script que permite recortar determinada área de uma imagem. Utiliza prototype e script.aculo.us.

http://www.defusion.org.uk/code/javascript-image-cropper-ui-using-prototype-scriptaculous/

Data Picker utilizando prototype e script.aculo.us. Clica no campo data do formulário e aparece um pequeno calendário.

http://www.eulerian.com/en/opensource/datepicker-prototype-scriptaculous

“Abre e fecha” divs. Funciona como uma pequena “caixa”, onde você expande ou recolhe ela, clicando no canto superior direito. Utiliza prototype e script.aculo.us.

http://www.exit404.com/2005/57/unobtrusive-persistant-scriptaculous-effects

Validação de formulários com Prototype. Muito fácil de utilizar. Valida campos para somente número, digítos, e-mail, url, datas, etc.

http://tetlaw.id.au/view/javascript/really-easy-field-validation

Script que possibilita redimensionar colunas, editar no lugar e ordenar registros numa tabela.

http://www.millstream.com.au/upload/code/tablekit/

Funciona de maneira semelhante a uma tooltip. Utiliza prototype e script.aculo.us.

http://www.beauscott.com/2006/08/19/ajax-enabled-help-balloons/

Barra de progresso (progress bar) para ser utilizada em aplicações web. Pode ser configurada por tempo e eventos. Mecanismo simples.

http://livepipe.net/projects/control_progress_bar/