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Script para Avaliação com CSS e prototype. Geralmente esse tipo de ferramenta utiliza estrelas (rating star).

http://livepipe.net/projects/control_rating/

Esse script permite que você selecione mais de uma opção para um input select. Utiliza prototype.

http://livepipe.net/projects/control_select_multiple/

Sistema muito versátil para construir modal window, tooltips e lightboxes com a biblioteca prototype.

http://livepipe.net/projects/control_modal/

Script para abas (tabs) utilizando CSS e prototype.

http://livepipe.net/projects/control_tabs/

Aplicação que utiliza script.aculo.us e prototype para redimensionar imagens.

http://www.agilepartners.com/blog/2005/12/07/iphoto-image-resizing-using-javascript/

Tooltip com o Frameword Prototype.  Permite criar uma grande variedade de tooltips, desde as mais simples até outras com efeitos.

http://www.nickstakenburg.com/projects/prototip/

Utiliza Prototype e script.aculo.us. Utiliza Ajax para carregar o conteúdo. Muito bom!

http://wildbit.com/demos/modalbox/

Script simples com Javascript e CSS para visualizar imagens. Utiliza Prototype.

http://www.huddletogether.com/projects/lightbox2/

Outro sistema de popup com CSS. Esse um pouco maior, mas atende ao que se propõe a fazer.
Específico para imagens, clica e aparece numa div no centro da tela, com uma drescrição e opção para fechar.

http://www.doknowevil.net/litebox/

Para sistemas web estilo desktop, com janelas onde é possível mover blocos de conteúdo. Aplicação que lembra o site netvibes.

http://blog.xilinus.com/2007/8/26/prototype-portal-class